Wren had ontzag toen hij Michelangelo's koepel in de Sint-Pietersbasiliek en Mansart's Kerk van de Val-de-Grâce zag. In tegenstelling tot die van de Sint Pieter en Val-de-Grâce, rijst de koepel van de Sint Paulus op in twee duidelijk afgebakende verdiepingen van metselwerk, in totaal ongeveer 95 voet in combinatie met een lagere onversierde voet. De koepelstructuur met drie koepels zorgt ervoor dat de binnenste koepel evenredig stijgt met de architectuur, terwijl hij er van buitenaf massief en prachtig uitziet. De peristyle ondersteunt de binnenste koepel en de bakstenen kegel die naar binnen rijst om de lantaarn te ondersteunen.